環(huán)境微生物群落多樣性分析
微生物廣泛存在于自然界中，與人類的生產(chǎn)和生活息息相關(guān)。環(huán)境微生物群落多樣性分析，基于Illumina MiSeq等第二代高通量測序平臺(tái)，對核糖體RNA高變區(qū)域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如細(xì)菌和古菌的氨氧化酶基因進(jìn)行測序，揭示環(huán)境樣品中眾多不同類型微生物種類以及它們之間的相對豐度和進(jìn)化關(guān)系。探討微生物多樣性，對于研究微生物與環(huán)境的關(guān)系、環(huán)境治理和微生物資源利用有著重要的理論和現(xiàn)實(shí)意義。
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1. 測序質(zhì)量評估分析；
2. OTU列表生成及注釋；
3. 物種豐度分析；
4. 物種豐度差異性分析；
5. 群落結(jié)構(gòu)分析；
1.研究環(huán)境中的微生物組成最全面的方案。本技術(shù)通過對環(huán)境中所有微生物遺傳物質(zhì)的解讀，全面分析微生物群體的基因組成及功能，分析微生物群體的多樣性和豐度，探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關(guān)系，發(fā)掘和研究新的具有特定功能的基因等。
2.研究環(huán)境中的微生物組成最具有技術(shù)保障的方案：依托高測序平臺(tái)，進(jìn)行高通量測序，嚴(yán)格的質(zhì)控系統(tǒng)保證產(chǎn)出數(shù)據(jù)質(zhì)量極高。生物信息學(xué)分析內(nèi)容豐富，除分析環(huán)境樣品所包含的全部微生物的群體基因組成及功能和參與的代謝通路外，還能對微生物群體的多樣性與豐度進(jìn)行完整詮釋，探求微生物與環(huán)境，微生物與宿主之間的關(guān)系，發(fā)掘和研究新的、具有特定功能的基因。
（一）樣品類型
1. DNA；樣品濃度：≥50 ng/ul；樣品總量：>10ug；樣品純度： OD260/280為1.8~2.2，OD260/230≥1.0。
2. 組織：菌體取樣后置于凍存管中并標(biāo)注，立即液氮速凍，保存于超低溫冰箱中。請盡量使用新制備的樣品且樣品量至少滿足3次以上提取；
（二）樣本運(yùn)輸
1. DNA樣品置于1.5 ml RNase-free離心管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間，管口使用Parafilm封口，干冰運(yùn)輸；
2. 菌體取樣后置于凍存管中并標(biāo)注，使用足量的干冰運(yùn)輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。
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